辦公室。承擔機關上傳下達、文件收發傳存、會務組織、安全保衛、值班等日常運轉工作；負責機要、保密、檔案、政務信息公開、網絡運行管理等工作；負責機關財務、后勤工作；起草機關重要文件、綜合性講話材料，負責機關對外文件、文字材料的審核；負責機關對外宣傳工作；負責主任辦公會議的記錄、督察督辦工作；負責機關正版軟件、愛國衛生、節能、計生、幫鄉扶貧等工作；負責區屬國有企業領導人員請假管理；牽頭協調處理人大建議、政協提案的辦理事項；牽頭承擔中央、重慶市和外地在萬國有企業的聯絡工作。
組織人事科（掛黨委辦公室牌子）。負責國有企業黨的政治建設、思想建設、組織建設、作風建設、制度建設。指導國有企業做好黨員教育、培訓、管理和意識形態、精神文明、新聞宣傳、文化建設等工作；指導國有企業的工會、青年、婦女和統戰、雙擁、民兵預備役工作。負責國有企業黨風廉政建設工作。負責機關人事、編制及干部考核工作；按照干部管理權限，負責所監管國有企業領導班子建設和領導人員、國有股權代表、董事、監事的推薦、考察、任免、綜合考核評價等相關工作；負責國有企業人才工作和干部教育培訓工作；負責黨委會議的記錄工作；牽頭組織國有企業勞動用工政策執行情況的調控和監管；承擔社會團體組織的管理工作。
規劃發展與安全科。負責審核國有企業發展戰略和規劃；指導國有企業產業升級和結構調整；牽頭國資監管重大政策及規范性文件的研究起草；按規定對新國有企業組建和國有企業的投資、融資、擔保、資本金變動、增資擴股等事項審核或備案；負責審核股權轉讓及發債方案；指導所監管國有企業的風險管控；負責監督管理國有企業重大物資、設施設備采購；負責全區國有經濟統計及運行監測工作；負責國有企業清產核資及國有資產損失核銷工作。負責國有資本經營預算支出建議草案的編制；承擔國有企業三峽移民后期扶持、科技創新、對口支援、招商引資等工作；指導督促所監管國有企業抓好安全生產、防震減災、環境保護、應急管理等工作；負責國有企業涉企政策落實、正版軟件工作。
改革法規與信訪科。承擔深化國資國企改革領導小組辦公室日常工作；研究提出國有企業改革的政策建議；指導國有企業改革改制工作，負責國有企業合并、分立、改制、上市及解散、破產等工作。承擔國有企業國有資產產權界定、登記、劃轉、處置及產權糾紛調處等工作；承擔國有資產評估項目的核準和備案工作；負責機關及國有企業的依法治企工作；承擔國資監管重大政策及規范性文件的合法性審核；指導國有企業按照現代企業制度完善公司治理，推進中國特色現代國有企業制度建設，負責國有企業公司章程的審批備案；指導督促所監管國有企業抓好信訪穩定、社會治安綜合治理、反邪防邪、平安建設、法治建設等工作；負責機關群眾工作系統相關工作；指導推進國有企業社會化管理移交工作。
審計監督科。利用詢問、查閱、審計等調查方式履行出資人監督部署，匯總國資監管發現的問題和監事監督發現的董事及高管人員履職違規違法等問題，分類提出處置意見，跟蹤問題的處理整改落實；負責對國有資產重大損失、違反“三重一大”決策制度等重要問題和線索進行核查，提出問責追責意見建議；負責對監管發現的共性問題進行分析研究，提出完善國資監管制度和改進國資監管的措施辦法建議；指導督促所監管企業開展問責追責工作；負責區屬國有企業按照現代企業制度要求設置監事機構，并開展監督考核工作；指導、督促國有企業開展內部審計工作；負責國資委系統中介機構管理工作；協調配合審計機關加強對區屬國有重點企業監督的有關工作。
考核分配科。研究、擬訂和完善國有企業資產保值增值評價指標體系、國有企業經營業績考核制度、國有企業負責人薪酬制度、履職待遇辦法、股權激勵約束辦法并組織實施；負責指導所監管國有企業編制工資總額預算方案，做好工資總額預算方案的備案與核準工作，加強對工資總額預算執行情況動態監控和執行結果清算；負責牽頭組織國有資本經營預算建議草案的編制；按規定負責國有資本經營預算收入的征收工作；負責國有企業“職教幼教”、“三類人員”落實待遇政策工資性工作及國有企業“農民工工資”相關工作；負責國有企業勞動保險相關工作。
